Mahanon es también conocido como el casco principal de la nave colonia Eldridge . Cuando el Eldridge fue destruido hace 9999 años con el fin de prevenir la reactivación de Deus y escapar, muchos fragmentos de la nave cayeron en la atmósfera del sobre el que se encontraban. La nave estaba en órbita y se estrelló en la superficie. La parte principal de la nave, que albergaba el puente, a Deus y el Árbol de Razael (ordenador central) entre otras cosas, se precipitó en el mar y se hundió hasta el fondo. Por 9999 años yació en el fondo del océano, sepultando a Deus inactivo mientras sus periféricos (Miang , Caín , el Gazel , ect.) llevaban a cabo su voluntad y comenzaron a utilizar a la población humana en desarrollo del planeta para facilitiate su renacimiento. Llegó a ser conocido como "Mahanon" o la "morada de Dios" por la civilización humana, las únicas personas que sabían la verdad eran los que actuaban en interés de Deus. A finales de segundo disco del juego, el Ministerio de Gazel utiliza la llave Gaetia y eleva Mahanon del océano con el fin de recuperar el cadáver putrefacto de Deus y "revivirlo". Su plan avanza rápidamente gracias a la intervención de Krelian , Fei y sus aliados. Mahanon no se volvió a ver después de los acontecimientos directamente relacionados con el, y no aparece en el mapa del mundo al final del juego cuando el jugador tiene acceso libre para explorar.
Mahanon según las leyendas de Xenogears[]
"Hace mucho tiempo, los seres humanos vivían con Dios en el paraíso en el cielo llamado" Mahanon '. El lugar estaba protegido por el poder de Dios. Los seres humanos nunca fueron expuestos al miedo o al peligro de la muerte. Sin embargo, un día, los seres humanos entraron al jardín prohibido de Dios y comieron una fruta que les confirió gran inteligencia y poder. Dios se enteró del incidente y los seres humanos fueron expulsados del paraíso. Los tiempos prósperos habían terminado, y comenzó una era de tristeza y odio..."
- 1ª Leyenda del Génesis
"Los seres humanos desterrados del paraíso fueron tan tontos como para rebelarse contra Dios. Para contrarrestar el poder de Dios, crearon doce Reliquias Anima, y se llamaron a sí mismos dioses... Durante 10 días y 10 noches el mundo derramó su sangre, Mahanon estaba envuelto en llamas. Pero la fuerza humana no podía competir con Dios y los seres humanos arrogantes fueron destruidos por la ira de Dios. Sólo unos pocos hombres justos fueron dejados en la Tierra. sin embargo, Dios también estaba cansado y herido. Decidió entonces descansar en lo más profundo de las profundidades del mundo. El descanso de Dios para los humanos fue largo, casi eterno, pero eso es sólo un momento para Dios. Desde entonces, los hombres justos que no lo intentaron rebelarse contra Dios tuvieron que vivir en la cruda naturaleza por sí mismos, a riesgo de estar en constante temor a la muerte... Cuando los hijos de los hombres justos nacieran de nuevo, Dios despertará de su largo descanso y dará su benevolente mano en ayuda de ellos."
-2ª Leyenda del Génesis